因引起非淋菌性尿道炎的病原体可持续存在数月之久，发病缓慢，症状轻，不容易受到重视。很多患者因症状不明显或无症状而不去检查治疗，任其发展，就会产生并发症。

　1、男性非淋菌性尿道炎患者的并发症

　（1）附睾炎：由于长期得不到治疗,病原体可沿着输精管侵犯附睾,使附睾肿大、变硬，有触痛。严重时可发生阴囊水肿、输精管变粗等。

　（2）前列腺炎：如并发前列腺炎，肿大的前列腺能压迫尿道引起小便不畅(尿流变细、尿频、尿流中断等)，尿道、会阴有不适感和坠胀感。

　2、女性非淋菌性尿道炎患者的并发症

　（1）输卵管炎：可分为急性与慢性。急性的，患者会有寒战、高烧、下肢疼痛、呕吐、腹胀、腹泻等。慢性的，可有下腹隐痛、腰痛、月经不调和不孕症。