在男性非淋球菌性尿道炎中，较常见的并发症是附睾炎，常表现为单侧性的局部红肿疼痛，检查示附睾肿大发硬且有触痛，如累及睾丸时可出现阴囊水肿和输精管变粗。临床上常可见到附睾炎和尿道炎同时存在。当出现前列腺炎时，可有后尿道、会阴和肛门部位的重坠和钝痛感。其他诸如赖特综合征等系统性并发症较少见。有报道解脲支原体可吸附在精子上，抑制受精，造成男性不育。